秀丽隐杆线虫作为微生物组研究的模型

的秀丽隐杆线虫天然微生物

三项秀丽隐杆线虫微生物组研究中有两项研究了野生秀丽隐杆线虫的自然微生物环境(表(表1)1)(Dirksen et al.， 2016;Samuel et al.， 2016)。利用16S rDNA V4区域的深度测序，对来自不同采样点(德国北部、葡萄牙和法国)的秀丽隐杆线虫的广泛自然栖息地(底物)中的细菌含量进行了分析。堆肥、腐烂的苹果和其他水果、腐烂的茎，以及用于传播的载体无脊椎动物。所表征的环境微生物群落由数千个操作分类单位(OTUs，代表细菌分类群)组成，具有广泛的多样性，以变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门为主。例如，在腐烂的苹果中发现的250多个细菌属中，数量最多的是肠杆菌科和产醋酸的醋酸杆菌科。有趣的是，许多细菌种型一致地从完全不同的蠕虫基质(例如，堆肥，蜗牛，腐烂苹果和腐烂橙子)中鉴定出来，这表明这些分类群通常是秀丽隐杆线虫自然环境的一部分。

引人注目的是，其中一些栖息地的微生物组成可以预测生活在其中的野生秀丽隐杆线虫种群的成功。Samuel等人的研究表明，秀丽隐杆线虫的大量增殖群体更有可能存在于具有简单的、富含α变形菌(Acetobacteriaceae)群落的腐烂苹果中，而那些具有高水平拟杆菌门或潜在病原体的苹果往往含有非增殖菌(Samuel等人，2016)。在两个含有约20种天然细菌的群落的重建实验中，也观察到当群落组成与自然环境相似时，秀丽隐杆线虫的生长和繁殖速度更快，这些环境中有增殖秀丽隐杆线虫(80% Proteobacteria，富含alphaproteobacteria)，而不是含有非增殖细菌(40% Proteobacteria，富含Gammaproteobacteria和Bacteroidetes)。基于机器学习的分析表明，特定的微生物类群也在推动秀丽隐杆线虫种群的增长。例如，Enterobacteriaceae和acetobacteraceae都可以预测种群的增殖，而Bacteroidetes (Flavobacteriaceae)和两个Gammaproteobacteria family (Xanthomonadaceae和Pseudomonadaceae)则相反(Samuel et al.， 2016)。如下所述，来自这些家族的有害细菌和有益细菌对的各种组合表明拟杆菌门的影响仅在高丰度(>80%的群落)时观察到，而有益细菌和致病菌都可以在低丰度时发挥影响(Samuel et al.， 2016)。这些观察结果表明，微生物组的影响依赖于环境，涉及不同群落成员之间复杂的相互作用。

Dirksen及其同事还分析了天然秀丽隐杆线虫分离物中的细菌群落(表(表1，图1)，1)，以检查相关的蠕虫微生物群是否与其相应的底物不同(图(图1)1)(Dirksen et al.， 2016)。来自自然栖息地的秀丽隐杆线虫拥有丰富的细菌群落，包括各种不同的分类群(Dirksen et al.， 2016)。最常见的otu是未分类的肠杆菌科以及假单胞菌属、窄养单胞菌属、Ochrobactrum属和鞘单胞菌属。此外，已鉴定的秀丽隐杆线虫微生物群落与相应底物和同类线虫(如C. remanei)的微生物群落不同，可能表明存在物种特异性微生物群落，这一概念最近由一项研究不同秀丽隐杆线虫物种微生物群差异的研究提出(Berg等人，2016b)。重要的是，从不同采样点和基质收集的蠕虫的微生物组彼此相似，此外，从野外分离后的单个蠕虫的微生物群落与在实验室中扩展的蠕虫种群的微生物组重叠(不添加实验室食物)(Dirksen et al.， 2016)。这些观察结果有力地表明，秀丽隐杆线虫拥有一种特有的微生物组，这种微生物组是由其作为一个物种的特性所定义的，因此是潜在的基因组，而不受任何环境和/或地理变化的影响。目前尚不清楚这一特征微生物群是秀丽隐杆线虫主动选择的，还是各种细菌定殖效率差异的结果，或者两者兼而有之。

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图1

秀丽隐杆线虫微生物组的复合显微照片。(A)秀丽隐杆线虫口腔区域的复合显微照片，(B)蠕虫中部的显微照片(两种情况下，前部都在左侧)。线虫在基于14个丰富细菌分类群的实验微生物组中饲养，然后进行显微镜分析(Dirksen et al.， 2016)。用真细菌FISH探针将细菌染成红色，在整个肠道中观察到小点。虫核用DAPI染成蓝色。(A)中的图片来自Dirksen等人(2016)，而(B)中的图片是新的，由Schulenburg实验室的Philipp Dirksen提供。

为了模拟实验室的自然环境，夏皮拉实验室建立了一个实验管道，在不同的实验室环境中培养基因同质的蠕虫种群，这些蠕虫种群由标准N2菌株的无菌幼虫发起，模拟秀丽隐杆线虫在野外分离出来的栖息地(表(表1)1)(Berg et al.， 2016a)。将线虫的微生物群落与其相应的微观环境进行比较(均通过V4 16S rDNA深度测序进行分析)，确定了线虫肠道微生物组的特征，与环境不同，并进一步表明线虫肠道微生物组的组装本质上是在这些条件下的确定性过程。蠕虫微生物群落的可重复性使鉴定出一个共享的核心微生物组，占所有细菌分类群的50%以上。这些微观实验的线虫微生物组分析还揭示了两种不同类型的存在，它们独立于技术变量，在核心科的丰度和辅助分类群的包含上存在差异。随后的实验评估了温度对微生物群组成的影响，发现蠕虫体内微生物丰度的变化往往与环境变化的方向相反，这有力地表明了宿主的介导作用。最近的一项研究证实，除了环境依赖性变异外，宿主遗传学对微生物组组成的形成也有重要贡献:同一菌株的蠕虫中微生物群落的相似性高于不同菌株和物种的蠕虫(Berg et al.， 2016b)。

的相同点和不同点秀丽隐杆线虫三种研究方法中的微生物组

将这三项研究结合在一起，使我们能够通过比较蠕虫和不同底物之间的微生物组组成来更好地定义秀丽隐杆线虫的肠道微生物群，因为不同的实验室采用不同的研究方法和世界不同地区(见补充表1中样本的元数据)。使用基于系统发育的所有微生物群之间的非加权距离进行原则坐标分析，从蠕虫和它们的底物，表明，在由底物微生物群分布定义的多样性空间中，蠕虫微生物群占据了有限的子空间(见图fig . 2a). 2a中的填充符号)。分析的蠕虫微生物组包括:(i)分离后不久就有特征的单个蠕虫(天然蠕虫;Dirksen等人的研究，2016)，(ii)在微生物分析之前，在实验室条件下与原生微生物组保持约2周的蠕虫组(实验室富集的蠕虫;Dirksen et al.， 2016的研究)，以及(iii)在堆肥微观环境中饲养的实验室菌株N2蠕虫(微观环境蠕虫;Berg等人的研究，2016a)。与相应的底物相比，这些微生物组之间的强烈重叠及其独特的组成强烈表明，秀丽隐杆线虫从环境中组装了一个确定的、非随机的微生物群落，该群落对研究方法的变化(即微观世界与天然蠕虫)、涉及的实验室以及由于在实验室条件下而不是在自然环境下维持蠕虫而引起的扰动(即，在Dirksen等人的研究中，天然与实验室培养的蠕虫，2016)。在微生物群落组成中如此强大的特征突出了秀丽隐杆线虫模型在解剖宿主-微生物组相互作用和潜在遗传学方面的适用性，而不管采用何种研究方法。

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图2

秀丽隐杆线虫和底物微生物组的交叉研究比较。(A)基于未加权UniFrac距离的原理坐标分析显示，无论原产地研究如何，秀丽隐杆线虫在腐烂的水果或堆肥基质(开放)中明显聚集(填充)。在补充视频1中提供了结果的三维表示。所纳入样品的特征见补充表1，所鉴定的otu及其丰度见补充表2。所有微观世界数据集(绿色部分)均来自Berg等人(2016a)。所有自然和实验室丰富的蠕虫数据集(以紫色和洋红色填充符号给出)来自Dirksen等人(2016)。腐烂茎的基质数据集完全来自Samuel等人(2016)，而载体和腐烂水果的数据集包括Dirksen等人(2016)和Samuel等人(2016)的数据，而堆肥的数据集完全来自Dirksen等人(2016)。根据Shannon α多样性指数(B)的评估，秀丽隐杆线虫的微生物多样性通常低于底物(B)，并且每个蠕虫组内的组成比底物或底物之间的组成更相似(C)。注意非参数p值≤0.002:B、土壤微观;C，相对于蠕虫组。

相关的统计分析证实了秀丽隐杆线虫微生物组在研究中的明显特征。未加权距离只考虑了分类群的存在，而忽略了它们的丰度，因此代表了微生物群的总体丰富度，蠕虫体内的微生物群似乎是其环境中可用细菌的一个子集。与此一致的是，除了腐烂的水果本身已经很简单外，蠕虫微生物群的微生物多样性通常比它们各自的基质低得多(图(Figure2B). 2b)。它们之间也表现出更大的相似性，正如微生物群间距离较小所证明的那样(图(Figure2C). 2c)。天然秀丽隐杆线虫微生物组在线虫类群中表现出最大的变异。有趣的是，鉴定出的微生物群落似乎分为两个不同的群体。其中一组与来自实验室培养的蠕虫和一些微型线虫的几乎所有微生物群聚集在一起，而第二组与一组单独的微型线虫微生物群聚集在一起(图(Figure2A). 2a)。这种划分是否概括了之前在微观实验中报道的两种微生物组类型(Berg et al.， 2016a)尚不清楚。然而，自然秀丽隐杆线虫样本中不同类型的存在表明，线虫可能拥有不同的“肠型”。在微观实验中，正如生态网络分析所表明的那样，不同的类型可能归因于环境微生物的可用性和微生物的竞争(Berg et al.， 2016a)。在野生分离株中，宿主遗传变异也应被视为这两种微生物组存在的潜在决定因素。在这种情况下，宿主遗传学的重要性得到了另外两个发现的支持:Dirksen等人对实验微生物组的分析发现，秀丽隐杆线虫菌株对细菌群落组成有显著影响(Dirksen等人，2016)。在最近的一组微观实验中，不同的秀丽隐杆线虫菌株和相关物种在同一基质上饲养，显示出线虫肠道微生物根据其基因型共同聚集(Berg et al.， 2016b)。

秀丽隐杆线虫微生物群中常见的细菌类群有很多(图3A,B;值得注意的是，在所有研究中发现了260个细菌otu(操作分类单位)(图(fig . 3A,3A, inset;补充表2)。几个细菌分类群在蠕虫微生物群中特别丰富(图(Figure3C)，3C)，包括三种Gammaproteobacteria: Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae和Xanthomonadaceae。在自然微生物中常见，但在微观实验中较少的是α变形菌科成员Sphingomonadaceae和三个拟杆菌科(Sphingobacteriaceae, Flavobacteriaceae和Weeksellaceae)(图(Figure3C). 3c)。有趣的是，在腐烂的苹果中发现与大量繁殖秀丽隐杆线虫相关的Acetobacteriaceae (Samuel et al.， 2016)，在所有被检测的天然蠕虫中都以低水平存在(图(Figure3C). 3c)。这种低而持续的存在不太可能是由于污染，因为在底物中存在高水平的其他几种细菌被可重复地排除在蠕虫的定植之外，包括植物菌和大多数酸杆菌(图3b)。此外，尽管Acetobacteriaceae在水果中很常见，但它们在堆肥中的丰度要低得多，大多数具有特征的天然秀丽隐杆线虫都是从堆肥中分离出来的。除了Acetobacteriaceae，其他一些变形菌门(Moraxellaceae, Comamonadaceae和Rhodobacteraceae)和放线菌门(microbacteraceae和放线菌门)也属于这种罕见的，但在天然秀丽隐杆线虫样本中常见的类别。线虫的低丰度组合，但对它们的适应性明显重要，表明Acetobacteriaceae的成员可能也可能是上述其他家族的成员，可能是秀丽隐杆线虫-微生物组关联的关键分类群，其功能目前未知。需要进一步的分析来阐明这些潜在的作用。

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图3

秀丽隐杆线虫核心微生物群的鉴定。(A)所有62个秀丽隐杆线虫微生物组的otu水平平均相对丰度和共性的散点图。插图是每组微生物群共享otu的维恩图。(B)所有秀丽隐杆线虫和119个底物样品的平均相对丰度比较。(A,B)中圆圈的颜色表示来自不同细菌门的OTUs，而圆圈表示它们的丰度，如最右边的图例中突出显示的那样。(C)存在于100%天然蠕虫微生物组中的14个细菌科的热图，显示了样品间的丰度(以%为单位)。红框突出了那些在实验室富集和微观微生物群中也很丰富的微生物。热图左侧垂直柱的颜色与(A,B)相同，表示不同的细菌门。更详细的热图，其中还包括所有衬底样品，作为补充图1提供。已鉴定的otu及其在秀丽隐杆线虫和底物中的丰度列表作为补充表2提供。

从荟萃分析中得出的秀丽隐杆线虫核心微生物群与每项单独研究定义的微生物群并没有太大不同。此外，在早期的研究中，从秀丽隐杆线虫中分离出了两个更突出的家族，肠杆菌科和假单胞菌科的成员(Grewal, 1991;Ladygina et al.， 2009)。总之，这表明秀丽隐杆线虫微生物组的很大一部分是由革兰氏阴性菌主导的可重复定义的组成，特别是具有灵活代谢的快速生长细菌。这些细菌通常是强大的竞争对手，无论是在环境中，它们是腐烂水果的有效定植者，还是在蠕虫体内(Berg et al.， 2016a)。

蠕虫微生物群的可能功能

考虑到秀丽隐杆线虫与已鉴定的细菌类群之间的一致关联，了解它们是否以及它们可能为宿主提供什么优势是很有兴趣的。Samuel等人证明，从法国底物(BIGb和JUb收集物)中分离的550多种细菌中，近80%可以单独支持秀丽隐杆线虫的生长(Samuel等人，2016)。测试收集的细菌包括437种来自腐烂的奥赛苹果(或巴黎周围的其他栖息地)的细菌，这些细菌含有大量秀丽隐杆线虫，以及128种来自各种样品类型和鉴定出秀丽隐杆线虫(和/或秀丽隐杆线虫)动物的地点的分离株。结合生理指标、生长速率以及应激和免疫报告基因的诱导，这些细菌群通常被归类为“有益”(促进无应激生长)、“有害”(损害生长、杀死、激活应激/免疫报告基因)或“中间”(混合反应)。肠杆菌科(enterobacteraceae)、葡萄糖杆菌(Gluconobacter)、肠杆菌(Enterobacter)、普罗维登西亚(Providencia)和大多数乳球菌(Lactococcus)等几种变形杆菌门类对秀丽隐杆线虫更为“有益”。更有害的属包括拟杆菌门，如黄杆菌和鞘杆菌，以及潜在致病性的γ变形菌门(如黄单胞菌和窄养单胞菌)。有趣的是，除葡萄糖杆菌外，属内的分离株对秀丽隐杆线虫生理的影响各不相同(例如，借助应激报告基因或生长特性进行测量)，这表明菌株水平差异在基因含量上的重要性(Samuel等人，2016)。

Dirksen等人也建立了一个实验微生物组(图(Figure1)，1)，由从野生秀丽隐杆线虫中分离出来的14株细菌组成，代表了线虫原生微生物组的丰富属(Dirksen et al.， 2016)。三种不同的秀丽隐杆线虫菌株，实验室菌株N2和两种天然分离株(均为等基因和不同基因型，借助微卫星测量;(HS未发表数据)，在实验微生物组上生长，并分析了蠕虫在四个幼虫期(L4)和成虫两个不同发育阶段的细菌种群。对这些线虫的细菌种群分析表明，发育阶段和宿主基因型可以影响秀丽隐杆线虫微生物组的组成。有趣的是，某些细菌似乎在蠕虫中特别富集(与琼脂板上的实验微生物群相比)，特别是Ochrobactrum MYb71和窄养单胞菌MYb57。这一观察结果可能表明这些分类群能够在秀丽隐杆线虫的肠道中定植。至少对于Ochrobactrum MYb71，在另一项实验中证明了其在线虫肠道中持续存在的能力(Dirksen et al.， 2016)。此外，与仅存在标准实验室食品大肠杆菌OP50相比，实验微生物组被发现提高了蠕虫的适应性，并以种群增长为代理进行了测量。在这种情况下，在不同的压力条件下，包括较高和较低的温度、不同的介质和盐度，适应性都有所提高。对单个细菌分离物的分析进一步强调了对适应度的积极影响可能是由变形杆菌引起的;尤其是假单胞菌属、无色杆菌属、不动杆菌属和单胞菌属的代表菌，与对照条件下观察到的种群增长明显大于对照组(Dirksen et al.， 2016)。

肠道微生物最具特征的贡献是宿主免疫。夏皮拉实验室先前发现了一种mendocina假单胞菌肠道分离物，可以抵抗感染。在分离物上饲养蠕虫可以防止蠕虫随后暴露于致病性铜绿假单胞菌，减缓定植和杀伤(Montalvo-Katz et al.， 2013)。这种保护被发现是通过p38信号的低水平激活(或启动)提供的，p38信号是秀丽隐杆线虫免疫的一个核心模块(Kim等人，2002;Troemel et al.， 2006;Shivers等，2010;Block et al.， 2015)。虽然共生假单胞菌对假单胞菌病原体提供保护的能力可能与它们之间的相似性有关，但其他假单胞菌分离物无法提供保护，这表明在识别和免疫激活方面具有更大的特异性。在标准感染方案中，事先暴露于mendocina共生体只能延迟定植和死亡。然而，在更自然的情况下，将铜绿假单胞菌刺入有生长蠕虫的土壤中，可以完全避免感染(MB和MS未发表的数据)，强调了这种共生体对蠕虫在自然栖息地适应性的重要性。最近，从秀丽隐杆线虫(1株)或布里格梭菌(2株)中分离出的阴沟肠杆菌的新分离株被发现可以保护蠕虫免受粪肠球菌致病性菌株的感染。有趣的是，这种保护作用是针对被分离细菌的宿主的:秀丽隐杆线虫分离的阴沟芽孢杆菌只保护其原始宿主，而不保护C. briggsae，两种C. briggsae分离物反之亦然(Berg et al.， 2016b)。这些发现表明宿主对保护性共生体的特定选择，甚至可能是某种形式的隐杆线虫-肠杆菌的共同适应。这种可能性与最近利用受控进化实验证明的秀丽隐杆线虫与另一种保护性菌株之间的共同适应一致，这减少了致病性金黄色葡萄球菌的感染(Ford et al.， 2016;King等人，2016)。

Dirksen等人最近发现，从野生秀丽隐杆线虫中分离出的两株假单胞菌与mendocina假单胞菌不同，可以抑制六种真菌菌株的生长，这六种真菌菌株都类似地从天然秀丽隐杆线虫中分离出来(Dirksen等人，2016)。此外，其中一株菌株通过一种完善的真菌感染模型——子囊菌coniospora (Lebrigand et al.， 2016)保护秀丽隐杆线虫免于死亡;Zugasti et al.， 2016)。当线虫暴露于存在假单胞菌分离物MYb11的致病真菌时，真菌引起的死亡完全被阻止。当蠕虫在发育过程中首先在MYb11上生长，然后作为成虫在新盘子上暴露于真菌时，它仍然显着减少，新盘子只含有实验室食物大肠杆菌，但不含MYb11，可能表明后者细菌具有持久的保护作用(Dirksen等人，2016)。这些研究，加上夏皮拉实验室的研究，将假单胞菌的多种抗致病性贡献分配给秀丽隐杆线虫，这可能表明一种共同的相互作用历史，也许是进化的历史。

Samuel等人扩大了细菌对秀丽隐杆线虫病原体抗性的贡献范围(Samuel等人，2016)。在3种有益菌(葡萄糖杆菌sp. GRb0611、肠杆菌sp. JUb54、普罗维根菌sp. JUb39)和3种有害菌(沙雷菌sp. JUb9、假单胞菌sp. GRb0427和黄杆菌sp. JUb44)的双重稀释条件下，对秀丽隐杆线虫的生长进行评估，有益菌显著降低了有害菌群对线虫生长的负面影响。值得注意的是，每种同样有益的天然细菌(或大肠杆菌OP50)的相同数量对每种病原体的缓解效果并不相同，这表明每种细菌都有其特定的保护作用，而不是简单地稀释给定病原体的浓度。这些机制是直接发生在宿主身上(例如，免疫增强)，还是通过抑制病原体生长间接发生，或通过相关方法发生，仍有待观察。

未来的挑战

秀丽隐杆线虫拥有一个具有明确特征的微生物群，每只线虫可以包含大量的细菌分类群。在单个野生秀丽隐杆线虫分离株中，细菌分类群的确切存在和相对丰度可能存在很大差异(Dirksen等人，2016)(图(Figure2A). 2a)。一个特别的挑战是确定这个微生物群落的稳定性和微生物群成员与其宿主的联系强度。细菌菌株是否能够在线虫宿主体内存活很长时间，即使它们在基质之间迁移?这些菌株是否能够在多个阶段持续存在，可能被宿主用于长距离迁移，它们是否在宿主世代之间垂直传播?在何种程度上隐杆线虫物种在其相关的微生物组中存在差异，特别是当考虑到来自不同来源的宿主菌株时?未来的工作将需要对微生物群落不同成员的特定功能进行编目，包括优势分类群，以及较少丰富的关键分类群(即那些在蠕虫样本中始终发现频率较低的分类群)。单个细菌菌株是否与秀丽隐杆线虫相互作用?在宿主增加微生物扩散机会的同时，通过改善从新定植的基质获得营养来提高宿主的繁殖率?这些问题可以使用实验进化方法进行测试(例如，Masri等人，2015年)，包括秀丽隐杆线虫微生物种群在特定基质上的多代繁殖，并通过显微镜分析细菌定植和持久性以及测量宿主和细菌适合度来检查。

宿主及其微生物群之间相互作用的性质是一个重要的长期问题，可以在秀丽隐杆线虫模型中解决。一方面，秀丽隐杆线虫与特定细菌类群之间的密切联系可能表明它们是共同进化的。在这种情况下，我们预计秀丽隐杆线虫和单个微生物谱系的相互遗传变化，导致共同适应，这表现在宿主和特定微生物之间的分子相互作用中(例如，特定微生物信号分子和相应宿主受体的表达)。另一方面，蠕虫的微生物群可能是灵活地从环境中组装起来的，由不同的细菌菌株和分类群组成，但它们可以重复地完成特定的功能。然而，我们目前缺乏分子数据，也缺乏更详细的信息，细菌的功能影响来评估这两种选择。一些可用的数据仍然为每个假设提供了支持。即使从不同的环境开始，蠕虫微生物群在很大程度上也是可复制的，这与第一种可能性是一致的(Berg et al.， 2016a;Dirksen et al.， 2016;这是荟萃分析)。宿主遗传学对肠道微生物群形成的重要贡献进一步提供了支持(Berg等人，2016b;Dirksen et al.， 2016)。然而，环境多样性对肠道微生物群组成的巨大贡献更符合第二种可能性(Berg et al.， 2016b)。这两种选择都很重要，这与我们其中一人最近提出的模型(Shapira, 2016)是一致的，该模型建议将肠道微生物群分为两部分。首先，一个由共生体组成的核心，与宿主有着紧密的联系，可能共享共同进化的历史，并可能通过垂直传播来维持。第二，一个灵活的微生物池，它取决于环境的可用性，可以提供功能的多功能性，在不断变化的环境中可能是有利的。这两种选择实际上可能代表了一系列交互作用的两端。作为一种可能位于该范围中心的关联类型的例子，我们可以考虑从更大的环境多样性中获得有益的共生体，依赖于允许伴侣选择或检查伴侣保真度的机制。这已被证明发生在海洋环境中弧菌共生体对短尾鱿鱼光器官的定植中(Kremer等人，2013;Aschtgen等人，2016)，以及steinerma昆虫寄生线虫对Xenorhabdus肠道细菌的获取(Murfin等人，2015)。秀丽隐杆线虫如何获得其特有肠道微生物群的不同成员仍有待阐明。

秀丽隐杆线虫模型的一个特殊优势是它对遗传操作的适应性。这种强度可以通过对单个细菌分类群的遗传分析来补充。例如，如果发现某种细菌菌株或混合物对特定表型有很强的影响，则可以通过正向和反向遗传分析来剖析这种相互作用的遗传学，理想情况下是在伴侣双方中进行。这样的双向遗传分析将开启详细表征宿主以及控制宿主-微生物组相互作用的微生物分子过程的可能性。

我们感谢fsamlix、Samuel、Shapira和Schulenburg实验室的成员们的讨论。我们感谢德国科学基金会在CRC 1182合作研究中心资助KD和HS研究元生物体的起源和功能(项目A1.1, A1.2和A4.3)。国家科学基金研究生研究奖学金项目(DGE 1106400)资助。