摘要
从不吸烟者肺癌(LCINS)是癌症死亡的常见原因，但其基因组图谱的特征尚不明确。在这里，232个LCINS的高覆盖率全基因组测序显示了3个由拷贝数畸变定义的亚型。在吸烟者肺癌中罕见的显性亚型(piano)，具有体细胞UBA1突变、种系AR变异和干细胞样特性，包括低突变负担、高肿瘤内异质性、长端粒、频繁的KRAS突变和缓慢的生长，这表明癌症驱动者的祖细胞在肿瘤诊断前多年就已经出现。其他亚型的特征是特异性扩增和EGFR突变(中强)和全基因组加倍(强)。即使在接触二手烟草烟雾的情况下，也没有发现强烈的烟草吸烟特征。受体酪氨酸激酶- ras通路内的基因对存活有明显影响;五种基因改变各自使死亡率增加了一倍。这些发现为LCINS的个性化治疗开辟了途径。
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数据可用性
WGS数据集的232份正常和肿瘤配对的原始数据(BAM文件)已存入dbGaP，登记号为:phs001697.v1.p1。研究人员需要获得dbGaP的授权才能下载这些数据。RNA-seq原始数据(FASTQ文件)已提交给Gene Expression Omnibus，登录号为:GSE171415。EAGLE全外显子组测序研究的种系变异数据集可在dbGaP访问，登录号为:phs002496.v1.p1。此外，这些肿瘤的组织学图像可以在https://episphere.github.io/svs上找到。本研究使用的公共数据集包括gnomAD v.2.1.1/ExAC v.0.3.1 (https://gnomad.broadinstitute.org/)、1000 Genomes (phase 3 v.5, https://www.internationalgenome.org/)和dbSNP (v.138, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/)。
代码的可用性
WGS亚克隆拷贝号主叫代码见https://github.com/Wedge-lab/battenberg (v.2.2.8)。体细胞突变过滤的代码可以在https://github.com/xtmgah/Sherlock-Lung上找到。基于Dirichlet过程的肿瘤亚克隆重建方法的代码可在https://github.com/Wedge-lab/dpclust (v.2.2.8)找到。突变签名分析的代码可以在https://pypi.org/project/sigproextractor/ (SigProfilerExtractor v.0.0.5.77)上找到。推断基因组事件顺序的代码可以在https://github.com/hturner/PlackettLuce (v.0.2-2)上找到。时间顺序分析的代码可以在https://gerstung-lab.github.io/PCAWG-11/上找到。P-MACD的代码可以在https://github.com/NIEHS/P-MACD上找到。
参考文献
癌症图集:肺癌(美国癌症协会，2021年);https://canceratlas.cancer.org/the-burden/lung-cancer/
Cho, J.等。不吸烟非小细胞肺癌的比例及临床特征。下巴。[j] .癌症杂志，2017,20(2)。
坎贝尔，j.d.等。肺腺癌和鳞状细胞癌中躯体基因组改变的不同模式。[j] .中国生物医学工程学报，2016,37(2):444 - 444。
Collisson, e.a.等。肺腺癌的综合分子谱分析。自然511,543-550(2014)。
Chen, J.等。东亚人肺腺癌的基因组图谱。热学学报，52,177-186(2020)。
戈文丹，R.等。吸烟者和不吸烟者非小细胞肺癌的基因组图谱。Cell 150, 1121-1134(2012)。
Imielinski等人。大规模平行测序绘制肺腺癌特征图。Cell 150,1107 - 1120(2012)。
j·j·k·李。et al。追踪肺腺癌突变史中的癌基因重排。177cell, 1842-1857。e21(2019)。
Shi, J.等。肺腺癌的体细胞基因组学和临床特征:回顾性研究。中国医学科学杂志，2016,51(2):481 - 481。
Wang, C.等。全基因组测序揭示了中国非小细胞肺癌患者炎症微环境相关的基因组特征。Nat. common . 9,2054(2018)。
Fernandez-Cuesta, L.等。肺类癌中染色质重塑基因的频繁突变。学报，5,3518(2014)。
坎贝尔，p.j.等。全基因组泛癌分析。《自然》(英文版)，2014,32 - 39。
吴，K.等。原发性和转移性肺腺癌中细胞骨架重塑基因的频繁改变。学报，6,10131(2015)。
Carrot-Zhang, J.等。缺乏RTK/RAS/RAF通路的肺腺癌的全基因组特征Cell rep 34, 108707(2021)。
兰蒂，m.t.等。通过从不吸烟者的突变特征追踪肺癌风险因素:夏洛克-肺研究。点。中华流行病学杂志，1999,9(6):559 - 561。
Skoulidis, F.等。共同发生的基因组改变定义了kras突变型肺腺癌的主要亚群，具有不同的生物学、免疫谱和治疗脆弱性。中国癌症杂志，5,86 - 877(2015)。
MDM2-p53的相互作用。中华医学杂志，2003,31(2)。
Wala, j.a.等人。癌症基因组复发性重排的选择性和机制来源。预印本:bioRxiv https://doi.org/10.1101/187609(2017)。
Reznik, E.等。人类癌症的线粒体DNA拷贝数变异。电子学报5,e10769(2016)。
麦克格拉纳汉等人。肺癌进化过程中等位基因特异性HLA缺失和免疫逃逸。171号，1259-1271号牢房。e11(2017)。
贝利，m.h.等人。癌症驱动基因和突变的综合表征。173号，371-385号牢房。e18(2018)。
莫德里，P.等。泛素激活酶UBA1是细胞对DNA损伤的反应所必需的。中国生物医学工程学报(英文版)，2012(5)。
Martínez-Jiménez, F.突变癌症驱动基因汇编。中华癌症杂志，20,555 - 572(2020)。
黄,K.-L。et al。10389例成人癌症的致病种系变异。173号牢房，355-370。e14灯头(2018)。
Staaf, J.等。基于人群的临床研究中三阴性乳腺癌的全基因组测序。中华医学杂志，25,1526-1533(2019)。
亚历山德罗夫，l.b.等。人类癌症的突变特征库。《自然》(英文版)，2016,44 - 44。
伯格斯特罗姆，e.n.等。SigProfilerMatrixGenerator:用于可视化和探索小型突变事件模式的工具。中国生物医学工程学报，20,685(2019)。
Petljak, M.等。人类癌细胞系的突变特征揭示了偶发性APOBEC突变。176号牢房，1282-1294。e20(2019)。
Jager, M.等。核苷酸切除修复缺陷与癌症中观察到的突变特征有关。基因工程学报，29,1067-1077(2019)。
Singh, V. K, Rastogi, A.， Hu, X.， Wang, Y. & De, S.突变特征SBS8主要由癌症晚期复制错误引起。Commun。生物工程学报，2014,42(2020)。
罗伯茨，s.a.等人。APOBEC胞苷脱氨酶突变模式在人类癌症中广泛存在。[j] .中国生物医学工程学报，2014,32(2):444 - 444。
库卡布，J. E.等。环境因子的突变特征汇编。177室，821-836。e16天(2019)。
Tokiwa, H.和Sera, N.柴油颗粒中硝化多环芳烃对人类肺癌诱导的贡献。Polycycl。Aromat。科学进展，2000,21(2)。
Saini, N.等。酵母和癌症中DNA烷基化剂特有的突变特征。中国生物医学工程学报，2016,36(2):481 - 481(2020)。
Chan, K.等。APOBEC3A高突变特征与APOBEC3B在人类癌症中的背景突变特征是不同的。[j] .中国生物医学工程学报，2015,33(5):559 - 567。
巴特尔，F. P.等。31种癌症类型的端粒长度和体细胞改变的系统分析。[j] .中国生物医学工程学报，2016,33(4):349-357。
费尔巴哈等人。端粒猎人-从癌症基因组端粒含量和组成的计算机估计。中国生物医学工程学报，2016,32 (6);
戴维斯，H.等。HRDetect是基于突变特征的BRCA1和BRCA2缺乏症的预测因子。中华医学杂志，23,517-525(2017)。
赵恩英等。晚期乳腺癌的同源重组缺乏和铂基治疗结果。中国。癌症杂志，23,7521-7530(2017)。
letouz
辛德等人。重写本:一个用于研究癌症克隆进化过程中突变和结构变异特征的R包。生物信息学学报，34,3380-3381(2018)。
ger蜇，M.等人。2658种癌症的进化史。《自然》(英文版)，2012,38 - 41。
Halvorsen, a.r.等。吸烟与不吸烟肺癌患者的TP53突变谱前面。热那亚，7,85(2016)。
顾，J.等。TP53突变与非小细胞肺癌的不良临床结果相关:来自荟萃分析的证据摩尔。中国。中国生物医学工程学报，2016,35(5):755 - 756。
López, S.等。全基因组加倍与癌症进化中有害变异积累之间的相互作用。中国生物医学工程学报，2016,33(2):481 - 481(2020)。
贝尔斯基，c.m.等。基因组加倍影响晚期癌症的进化和预后。中国生物医学工程学报，2016,33(2):444 - 444。
Jamal-Hanjani, M.等。追踪非小细胞肺癌的演变。心血管病。中华医学杂志，376,2109-2121(2017)。
国际癌症研究机构人类致癌风险评估工作组。人类致癌物综述:个人习惯和室内燃烧(国际癌症研究机构，2012)。
美国公共卫生局。卫生局局长办公室。非自愿接触烟草烟雾的健康后果:外科医生的报告(美国卫生和人类服务部，公共卫生服务，外科医生办公室，2006年)。
Lopez-Bigas, N.和Gonzalez-Perez, A.致癌物质是直接诱变物吗?[j] .中国生物医学工程学报，2016,33(2):437 - 438(2020)。
Cho, I. J.等。干细胞静止的机制、特征和意义。干细胞报告12,1190-1200(2019)。
广岛市东北方,siv。A.成体干细胞和间充质祖细胞的衰老理论。前面。细胞发育与生物学报，2014,10(2)。
Li, L.和Clevers, H.哺乳动物中休眠和活跃的成体干细胞的共存。科学，327,542-545(2010)。
金，c.f.b.等。正常肺和肺癌细支气管肺泡干细胞的鉴定。Cell 121, 823-835(2005)。
范·米特，m.e.m.等。K-RasG12D表达可诱导原代造血干细胞/祖细胞过度增殖和信号传导异常。中华医学杂志，2007,39(5):445 - 452。
Kubara, K.等。KRAS在iPSCs中的地位对自我更新和分化倾向的影响。干细胞报告11,380-394(2018)。
Bax, M.等。泛素蛋白酶体系统是多能干细胞存活和运动神经元分化的关键调控因子。细胞8,581(2019)。
李昂，t.y.y.等。Nkx2-1、Phox2b、Sox10和Pax3对RET的转录调控。j . Pediatr。外科44,1904-1912(2009)。
格雷，W.等。激活受体酪氨酸激酶，RET，改善长期造血干细胞的生长和效力。《中华医学杂志》(英文版)，2012年第1期。
Fonseca-Pereira等人。神经营养因子受体RET驱动造血干细胞的存活和功能。《自然》(英文版)，2014,38 - 41。
赵，B.等。ARID1A通过保护端粒内聚促进基因组稳定性。学报，10,4067(2019)。
Sun, X.等。抑制SWI/SNF成分Arid1a促进哺乳动物再生。细胞干细胞18,456-466(2016)。
van der Vaart, A.和van den Heuvel, S.切换再生。干细胞研究，2016,41(2016)。
吴，S，张，R.和Bitler, B. G. Arid1a控制组织再生。干细胞研究，2016,35(2016)。
Nagl, n.g. Jr, Wang, X.， Patsialou, A.， Van Scoy, M. & Moran, E.不同的哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物在细胞周期控制中的相反作用。Embo j . 26, 752-763(2007)。
Notch信号在干细胞系统中的应用。干细胞24,2437-2447(2006)。
吉田，K.等。吸烟与人支气管上皮的体细胞突变。《自然》(英文版)，2016年第1期。
Maeda, Y, dav
Alanis, D. M.， Chang, D. R.， Akiyama, H.， Krasnow, M. a .和Chen, J.两个巢状发育波划定了小鼠肺的隔室边界。学报，5,3923(2014)。
Singh, I.等。Hmga2是肺发育过程中典型WNT信号传递所必需的。中国生物医学工程学报，2014,32(2):481 - 481。
劳尼，a.m.等。再生谱系和免疫介导的肺癌转移剪枝。中华医学杂志，26,259-269(2020)。
Duffy, M. J.等人将p53作为治疗癌症的靶点。癌症治疗。Rev. 40, 1153-1160(2014)。
谢赫，m.f.等。MDM2作为抗癌靶点的新作用综述安。中国。实验室。科学通报，36(6):627-634(2016)。
庄建中等。erbb2突变的转移性非小细胞肺癌:对靶向治疗的反应和耐药性j . Thorac。中国生物医学工程学报，2017,32(2):444 - 444。
Harvey, R. D, Adams, V. R.， Beardslee, T.和Medina, P.阿法替尼治疗EGFR突变阳性非小细胞肺癌的临床研究综述。j .杂志。制药。实践。26,1461-1474(2020)。
Park, K.等。阿法替尼与吉非替尼作为EGFR突变阳性非小细胞肺癌(LUX-Lung 7)患者的一线治疗:一项2B期、开放标签、随机对照试验《柳叶刀·肿瘤杂志》17,577-589(2016)。
沈旭，等。her2阳性肺癌中HER2YVMA受体酪氨酸激酶突变体对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性和敏感性的系统分析。j .感受。钙信号。Res. 36,89 - 97(2016)。
Miyazaki, M.等。在ALK驱动的神经母细胞瘤中，p53激活剂通过调节p53靶标选择性来克服对ALK抑制剂的耐药性。细胞死亡学报，2018,56(6)。
Dey, P.等。苹果酸酶2的基因组缺失会导致胰腺癌的附带致死率。自然，42,119-123(2017)。
Muller, F. L, Aquilanti, E. a .和DePinho, R. a .。肿瘤旁枝致死率:一种新的治疗策略。癌症流行病学杂志，2015,61 - 173。
谢辰，D.等。DNA修复基因突变作为肿瘤突变负担之外免疫检查点抑制剂反应的预测因子。中国生物医学工程杂志，2001,12(2):481 - 481。
里兹维，n.a.等。癌症免疫学。突变景观决定了非小细胞肺癌对PD-1阻断的敏感性。科学通报，36(5):444 - 444(2015)。
赫尔曼等人。纳武单抗联合伊匹单抗治疗肿瘤突变负担高的肺癌。心血管病。中华医学杂志，2016,33(5):444 - 444。
准备好了，n。nivolumab联合ipilimumab治疗晚期非小细胞肺癌(CheckMate 568):程序性死亡配体1和肿瘤突变负荷作为生物标志物的结果j .中国。中国生物医学工程学报，2016,32(2):481 - 481。
佳能，J.等。临床KRAS(G12C)抑制剂AMG 510驱动抗肿瘤免疫。自然，575,217-223(2019)。
Yang, L.等。靶向癌症干细胞通路的癌症治疗。钙信号。目标。Ther. 5,8(2020)。
Medema, J. P. & Vermeulen, L.干细胞在肠道内稳态和癌症中的微环境调控。自然，474,318-326(2011)。
Jørsboe, E.， hang øj, K.和Albrechtsen, a . fastNGSadmix:单一NGS样品的掺合比例和主成分分析。生物信息学学报，33(2):448 - 448(2017)。
Cibulskis, K.等人。不纯和异质癌症样本中体细胞点突变的灵敏检测。生物工程学报，31(3):513 - 519(2013)。
金，S.等。Strelka2:快速准确的呼唤种系和体细胞变异。学报，15,591-594(2018)。
Freed, D, Pan, R. & Aldana, R. TNscope:基于单倍型的候选变异检测和机器学习过滤的体细胞突变精确检测。预印本:bioRxiv https://doi.org/10.1101/250647(2018)。
朱，B.等。乳头状肾细胞癌的基因组和表观基因组进化史。Nat. common . 11, 3096(2020)。
Karczewski, K. J.等。从141,456人的变异中量化了突变约束谱。自然，581,434-443(2020)。
拉莫斯，a.h.等人。Oncotator:癌症变异注释工具。嗡嗡声。中国生物工程学报，36,E2423-E2429(2015)。
Wang, K, Li, M. & Hakonarson, H. ANNOVAR:基于高通量测序数据的基因变异功能注释。中国生物医学工程学报，2009,33(4):481 - 481。
孙明生，吴晓明，沃森，李涛，张磊。UPS-indel:一种通用的indel定位系统。科学。众议员7,14106(2017)。
Dentro, s.c.， Wedge, d.c.和Van Loo, P.重建癌症亚克隆结构的原理。冷泉港。教谕。医学，7,a026625(2017)。
nick - zainal, S.等。21例乳腺癌患者的生活史。Cell 149, 994-1007(2012)。
Scott, a.d.等人。充电器:种系变异的临床特征。生物信息学35,865-867(2019)。
兰德鲁姆，m.j.等人。ClinVar:临床相关变异解释的公共档案。核酸学报，44,D862-D868(2016)。
马丁科雷纳，I.等。癌症和躯体组织的普遍选择模式。171号牢房，1029-1041。e21(2017)。
Muiños, F.， Martínez-Jiménez, F.， Pich, O.， Gonzalez-Perez, A.和Lopez-Bigas, N.硅饱和诱变癌症基因。自然，596,428-432(2021)。
Mermel, c.h.等。GISTIC2.0有助于对人类癌症中局灶体细胞拷贝数改变的靶标进行敏感和自信的定位。中国生物医学工程学报，2011,32(1):481 - 481。
杜赫斯特，s.m.等。全基因组加倍的耐受性繁殖染色体不稳定性并加速癌症基因组进化。中国癌症杂志，2014,35(4):555 - 555。
Yang, L.等。人类癌症基因组中躯体结构变异的多种机制。Cell 153, 919-929(2013)。
李阳，等。人类癌症基因组的体细胞结构变异模式。《自然》(英文版)，2012,38 - 41。
Ding, Z.等。从全基因组序列数据估计端粒长度。核酸学报，42,75(2014)。
亚历山德罗夫，l.b.等。人类癌症突变过程的特征。《自然》(英文版)，2013年6月。
Shukla, s.a.等。HLA I类基因癌症相关体细胞突变的综合分析。生物工程学报，2015,36(5):562 - 558(2015)。
博利，N.等。多发性骨髓瘤基因组进化和突变谱的异质性。学报，5,2997(2014)。
个人选择行为:理论分析(威利，1959)。
《排列的分析》。达成。Stat. 24, 193(1975)。
致谢
这项工作得到了国家癌症研究所癌症流行病学和遗传学部校内研究计划和国家环境健康科学研究所校内研究计划的支持(项目编号:Z01 ES050159至S.H.W.和Z1AES103266至D.A.G.)，国立卫生研究院(NIH)。本项目全部或部分由美国国立卫生研究院国家癌症研究所的联邦基金资助，合同号为75N91019D00024和HHSN261201800001I。本出版物的内容不一定反映美国卫生与公众服务部的观点或政策，也不提及商品名称、商业产品或组织意味着美国政府的认可。这项研究得到了惠康信托核心奖的支持，资助号:203141/Z/16/Z，由国家卫生研究所牛津生物医学研究中心资助。L.B.A.是Abeloff V学者，他个人得到Alfred P. Sloan研究奖学金和Packard科学与工程奖学金的支持。L.B.A.实验室的研究是由国家环境健康科学研究所资助的。R01ES032547。所表达的观点是作者的观点，不一定是国家卫生服务、国家卫生研究所或卫生部的观点。来自法国拉瓦尔大学心血管与肺病研究所(IUCPQ)的样本收集得到了IUCPQ基金会的支持。GR项目2010-2316264支持L.A.M.为Casa Sollievo della soffferenza提供样品收集。A.L.M.由Damon Runyon癌症研究基金会博士后奖学金(no. 1)资助。DRG:2368-19)和Burroughs Wellcome基金博士后充实计划奖(no. 2368-19)。1019903)。C.F.K.的部分资金来自于第11号拨款。R35HL150876-01，美国肺脏协会胸科基金会，埃里森基金会;LCD-619492)和哈佛干细胞研究所。N.L-B。承认来自欧洲研究理事会的资助(合并拨款号:682398)。P.H.部分由癌症研究控制协会(CANC 'AIR基因暴露组学项目)提供支持。这项工作得到了H. Lee Moffitt癌症中心和研究所的组织核心的部分支持，这是一个由国家癌症研究所指定的综合性癌症中心，部分资金由Moffitt癌症中心支持基金(no. 5)资助。P30-CA076292)。B.E.G.R.由NIH资助号1P50 CA196530-01和NIH 1K08 CA151645-01支持。我们感谢Sherlock-Lung研究科学顾问委员会(M. Meyerson, J. Samet, M. Spitz, R. Summers, M. Thun和W. Travis)的支持。我们还要感谢多伦多大学的Y. Rubanova对TrackSig分析的帮助。我们感谢IUCPQ大学拉瓦尔生物银行、尼斯生物银行资源生物中心、耶鲁大学和莫菲特癌症中心和研究所的工作人员在收集样本和相应临床数据方面的宝贵帮助。这项工作利用了NIH高性能计算能力Biowulf集群(http://hpc.nih.gov)的计算资源。
作者信息
作者及单位
贡献
M.T.L.和T.Z.对这项研究进行了概念化。陈志强，石志强，陈志强。， b.z.， n.a.p.。, N.L-B。, B.Z S.H.W。,Y.P H.C,西奥多。罗斯福,湄,D.A.G L.B.A.和M.T.L.设计方法。T.Z N.A-P。， w.z.， p.h.h.， r.l.， k.h.-h。, A.G.-P。, F.M.-J。I.P交流。,j .唱j .史j.k., n, L.J.K, S.M.A.I, B.O A.L.M. a.k.和C.F.K.正式进行分析。a.h.， n.c.， j.c.， D.H.和K.M.B.进行了实验室工作。M.O, s.m.l.， m.d.， p.l.， P.M.S.B.和J.S.A.进行了病理工作。Y.B P.J。、泵房,A.C.P, L.A.M, B.E.G.R, M.L.P,司仪,m.b. N.E.C,马丁和S.J.C.管理资源。m.k.， L.M.和J.R.负责整理数据。T.Z.和M.T.L.写了最初的草稿。d.c.w.， s.j.c.， y.b.b.， q.l, n.r.r.， m.g.c。， d.a.g.， l.b.a.， n.l.b.b.。， b.z.， Sang, j.s hih, Shi, t.z.， P.H.H.， M.T.L.审查和编辑了初稿。所有作者都进行了数据可视化。M.T.L.监督了这项研究。
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
作者声明没有利益冲突。
额外的信息
同行评议信息《自然遗传学》感谢匿名审稿人对这项工作的同行评议所做的贡献。同行评审报告是可用的。
施普林格·自然对已出版地图的管辖权要求和机构关系保持中立。
扩展数据
图1 Sherlock- RTK-RAS通路的基因组变化肺．
a, Oncoplot显示RTK-RAS通路内基因的互斥性，用于定义RTK-RAS状态。底部条形图显示肿瘤的组织学类型。b, RTK-RAS阴性和阳性肿瘤的基因组特征比较。剩下四个面板:肿瘤突变负荷、SCNAs基因组百分比、SV负荷和T/N TL比。p值采用双侧Mann-Whitney U检验计算;中间三个组:Kataegis事件、WGD事件和BRCA2 LOH的富集。p值和OR采用Fisher精确检验(双侧)计算;右图:每个SBS签名的贡献。
扩展数据图2TP53《神探夏洛克》之路肺．
a, Oncoplot显示TP53突变和MDM2扩增之间的互斥性，用于定义TP53精通组和缺陷组。底部条形图显示肿瘤的组织学类型。b, tp53精通与tp53缺乏肿瘤的基因组特征比较。剩下三个面板:肿瘤突变负荷，SCNA基因组百分比和SV负荷。p值采用双侧Mann-Whitney U检验计算。中间四组:BRCA1 LOH富集、Kataegis事件、WGD事件和HLA LOH。p值和OR使用Fisher精确检验(双侧)计算。右图:每个SBS签名的贡献。
图3 Sherlock-中SV断点的递归肺．
使用5mb作为整个基因组的窗口来计算染色体断点的频率。
图4基于不同SCNA集群的LCINS基因组特征总结。
面板从上到下描述:1)最常突变或潜在驱动基因;2)致癌融合;3)表面活性剂相关基因的体细胞突变;4)显著的局灶性scna;5)显著的臂级scna;6)罕见种系突变基因;7)和8)其他基因组特征。右面板上的数字显示了总体频率(1-7)或中位数(8)。NRPCC:每个克隆拷贝的读取次数。
图5 Sherlock-中具有正选择信号的基因肺．
a，根据IntOGen q值<0.05 (y轴)和队列中突变频率(x轴)显示显著突变基因的散点图。基因的颜色是根据它们在肿瘤发生中推断的作用模式。b，复发性非同义驱动突变(≥2例)。
图6 Sherlock-的显性内源性过程肺．
a、原始突变谱与基于参考特征重构突变谱的余弦相似度密度图(从上到下):65个COSMIC SBS特征、22个内源性过程的COSMIC SBS特征、53个环境暴露的MutaGene SBS特征，以及包含22个内源性和53个环境暴露特征的组合特征。b，使用内源性和外源性特征(类似于a)比较原始突变谱和重建突变谱之间的余弦相似度。每个点代表一个样本。大小和颜色分别代表突变总数和肿瘤组织学类型。
图7 T/N TL比值与Sherlock-体细胞改变的关系肺．
a，平均端粒长度(TL)在Sherlock-Lung(深蓝色，总体，按组织学类型)，TCGA LUAD(绿色，总体，按吸烟状况)和TCGA其他癌症类型(灰色)中的分布。每种类型的总样本数显示在顶部。误差条，95% ci来自线性混合模型。b，散点图显示T/N TL比值与体细胞改变之间的关系。关联p值(双侧t检验;使用Benjamini-Hochberg方法调整的FDR在y轴上显示。标记FDR <=0.1或T/N TL比>1.1或<0.9的基因组改变，并在显著时进一步用红色突出显示(FDR=0.05;水平虚线)。c，体细胞改变与缩短T/N TL(包括Chr22q Loss, Chr9p/q Loss或HLA LOH)显著相关的肿瘤组中每个SCNA簇的比例。
图8 Sherlock-的同源重组缺陷(HRD)肺．
a, HRDetect夏洛克肺样本的分数。HRD-high: >0.7, HRD-low: < 0.005。b、HRDetect评分低于0.7 (N组)和高于0.7 (Y组)的样本间总索引数、微同源缺失数、SVs和snv的比较。p值采用双侧Mann-Whitney U检验计算。对于箱形图，中线表示中位数;框限表示第25和75百分位;胡须从第25和第75个百分位数延伸到四分位数范围的1.5倍。
图9 Sherlock- HRD相关基因的基因组改变肺．
a, HRD相关基因的基因组改变的肿瘤图，包括种系突变、体细胞突变和LOH。双等位基因改变的样本用两种不同颜色的条表示。底部条形图显示肿瘤的组织学类型。b, 6个HR相关基因在有和没有LOH的肿瘤中HRDetect评分(上)和SBS突变负荷(下)的箱形图。FDR的计算采用双侧Mann-Whitney U检验，并基于Benjamini & Hochberg方法进行多重检验修正。对于箱形图，中线表示中位数;框限表示第25和75百分位;胡须从第25和第75个百分位数延伸到四分位数范围的1.5倍。
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Zhang, T.， Joubert, P.， Ansari-Pour, N.等。不吸烟者肺癌的基因组和进化分类。中国生物医学工程学报，2016,33(2):444 - 444。https://doi.org/10.1038/s41588-021-00920-0
收稿日期:2020年11月25日
录用日期:2021年7月15日
发布日期:2021年9月6日
发行日期:2021年9月
DOI: https://doi.org/10.1038/s41588 - 021 - 00920 - 0
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